五代后唐庄宗同光元年（923年），六祖惠能下七世弟子文偃禅师经奏请南汉王同意，领众在云门山开创道场，由此创立了“云门宗”，成为禅宗“一花五叶”五大宗派之一。云门禅风犀利、孤危耸峻，天下学侣纷至沓来。时人论及各宗禅风，有“云门天子、临济将军、曹洞士民”之说。
宋初，云门宗达至鼎盛，涌现了许多出类拔萃的高僧大德，如第二代有香林澄远、白云子祥、德山缘密、洞山守初、巴陵颢鉴等八十余人，第三代有智门光祚、五祖师戒、文殊应真等八十余人，第四代有雪窦重显、洞山晓聪等两百余人，第五代有天衣义怀、佛印了元（即著名的佛印禅师）、大觉怀琏（云门宗入京城弘法的第一人，拥有极高的声望）、云居晓舜、圆通居讷等两百余人。云门宗在经过近三百年的兴盛后，因为金兵入侵、宋室南渡等因素而日趋衰落，终于在已庵深净禅师（1171年前后，云门宗第十一代）之后泯灭。
1943年，佛教泰斗、百岁高龄的上虚下云老和尚由南华寺移锡云门，接续云门宗法脉，为第十二代。1951年春，上佛下源禅师（当时法名为“真空”）来云门参礼虚云老和尚，受到器重，被委任为知客。八月，虚老传师云门宗法卷，赐法名妙心，法号佛源，为云门宗第十三代传人。1953年，佛老继任云门寺方丈。1982年，佛源老和尚重回云门，在党和政府以及社会各界的支持下，重建云门寺。2003年，佛老于云门寺退居（后于2009年示寂），传位于上明下向大和尚。佛老一生对云门宗禅法的弘扬有很大的贡献，他的禅七开示和公案语录在佛门内广为流通，读者深受法益，其传法弟子（云门宗第十四代）接近四百位，其中许多已经成为佛教的栋梁。
佛源老和尚非常重视僧才的培养，于1989年初创办了云门寺僧伽培训班，1992年经政府批准升级为云门佛学院。学院开设教理、禅修、律学等专业，特别是禅修专业，它是将教理与传统禅堂相结合的一种探索，为国内首创。二三十年来，从云门佛学院毕业的学僧总共近千人，分布在全球各地，有的继续深造，有的在讲经说法，有的已住持一方，为国内外佛法的弘扬起到了突出的贡献。
云门寺最大的特点在于它完全继承了祖师“爱国爱教”的传统（每年国庆都举行升旗仪式；经常开展思想政治教育活动；积极从事慈善公益活动，从2013至2017年连续五年中共捐款捐物合计一千二百五十六万元，年均捐赠二百五十一万元）和“农禅并重”的宗风（“农禅并重”是“佛教中国化”过程中形成的极为宝贵的文化财富、历史传统。国内，广东云门寺和江西云居山真如禅寺这两所大的丛林寺院较好地保存了这一传统），寺风严谨，始终保持着传统的丛林制度，得到了各级领导的亲切关怀和社会各界的高度认同。国家领导人习仲勋、赵朴初、钱伟长、叶选平、王光英、桑国卫等均曾莅临云门寺视察指导。2010年9月，云门寺被评为全国创建和谐寺观教堂活动达标场所。2011年6月，云门寺被广东省民族宗教委评为省“十百千”扶贫济困工程先进单位。2012年3月，香港凤凰卫视以《云门传灯录》为题对云门寺和云门宗进行了约半小时电视报道，其中盛赞云门寺农禅并重的宗风正是体现了“刻苦朴素”的禅宗“根本精神”。2012年4月，云门寺被广东省民族宗教委评为2008-2011年度省模范宗教活动场所。2016年12月，云门寺被中央统战部、国家宗教事务局评为第三届全国创建和谐寺观教堂先进集体。2018年2月，高德地图发布春运出行大数据，在全国十大热门祈福寺庙中，云门寺排名第十。可以说，云门寺对乳源县、韶关市乃至整个广东的社会经济和文化旅游发展起到了一定的作用。
现今云门寺有常住僧尼三百多人。寺占地面积三千多亩，包括云门寺（僧众道场）、云门佛学院、小西天（尼众道场）三大建筑群，总建筑面积八万多平方米。近年来新修的建筑有佛源长老纪念堂、释迦佛塔、新山门、新停车场、佛学院源公图书馆大楼、大觉讲堂等等。
云门寺在上级部门的指导下，也积极参与各项对外交流活动。例如组织执事和法师于2011年去印度和尼泊尔朝圣访问、于2016年去台湾佛光山和中台禅寺等寺院交流访问；2017年10月，教务长性国法师作为中国佛教修行体验团成员赴韩国交流访问。2011年5月，印度中印友好协会主席一行六人来云门寺参观。2014年10月，泰国副僧王帕蓬玛西来云门寺参观。2016年4月，以尼泊尔共产党（联合马列）中央委员、中央办公室首席秘书克里什南·格帕尔·施雷斯塔为团长的干部考察团一行十六人来云门寺友好访问。2017年4月，尼泊尔宗教领袖和事务管理者吉宁教皇及中央党校报刊社文化发展部主任余泓甫等来访云门寺。
时逢盛世当进取，继往开来续华章。云门寺全体僧众将始终秉承爱国爱教的精神，净心修行，热心为公，为建设和谐社会、人间净土而不懈努力，为早日实现中华民族伟大复兴的中国梦贡献我们应有的一份力量！